В январе 1912 г. Дума заявила о своем отношении к Распутину, а в феврале 1912 г. Николай II приказал В. К. Саблеру возобновить дело Святейшего Синода дело о „хлыстовстве“ Распутина и передать для доклада Родзянко, „и дворцовый комендант Дедюлин и передал ему Дело Тобольской Духовной Консистории, в котором содержалось начало Следственного Производства по поводу обвинения Распутина в принадлежности к хлыстовской секте“.[7] 26 февраля 1912 г. на аудиенции Родзянко предложил царю навсегда выгнать крестьянина. Архиепископ Антоний (Храповицкий) открыто писал, что Распутин хлыст и участвует в радениях.
Новый (сменивший Евсевия (Гроздова)) Тобольский епископ Алексий (Молчанов) лично взялся за это дело, изучил материалы, затребовал сведения от причта Покровской церкви, неоднократно беседовал с самим Распутиным. По результатам этого нового расследования было подготовлено и 29 ноября 1912 года утверждено заключение Тобольской духовной консистории, разосланное многим высокопоставленным лицам и некоторым депутатам Государственной думы. В заключении Распутин-Новый назван „христианином, человеком духовно настроенным и ищущим правды Христовой“. Никаких официальных обвинений над Распутиным больше не тяготело. Но это вовсе не значило, что все поверили в результаты нового расследования. Противники Распутина полагают, что епископ Алексий „помог“ ему таким образом в корыстных целях: опальный епископ, сосланный в Тобольск с Псковской кафедры вследствие обнаружения в Псковской губернии сектантского иоаннитского монастыря, пробыл на Тобольской кафедре только до октября 1913, то есть всего полтора года, после чего был назначен Экзархом Грузии и возведен в сан архиепископа Карталинского и Кахетинского со званием члена Святейшего Синода. В этом усматривают влияние Распутина.
Однако исследователи полагают, что возвышение епископа Алексия в 1913 году состоялось лишь благодаря его преданности царствующему дому, которая особенно видна из его проповеди, произнесенной по случаю манифеста 1905 года. Тем более что период, в который епископ Алексий был назначен Экзархом Грузии, был периодом революционного брожения в Грузии.[8]
Следует также отметить, что противники Распутина часто забывают об ином возвышении: заведший на Распутина первое дело о „хлыстовстве“ епископ Тобольский Антоний (Каржавин) именно за это был перемещен в 1910 году из холодной Сибири на Тверскую кафедру и на Пасху возведен в сан архиепископа.[9] Но они помнят, что этот перевод состоялся именно потому, что первое дело было отправлено в архив Синода.
